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Besonders hohe Erregerkonzentrationen wurden zunächst im Nervengewebe (Gehirn und Rückenmark) der erkrankten Tiere entdeckt. Sie lagern sich jedoch auch stark in den Lymphorganen wie der Milz an. Inzwischen wurden sie jedoch auch im Muskel und im Blut der kranken Tiere nachgewiesen. Kälber können sich bei der Mutter über den Mutterkuchen anstecken (maternale bzw. vertikale Transmission). Die Infektion wurde ursprünglich vermutlich über Tierfutter verbreitet. Diesem wurde Tiermehl beigemischt. Seit 1972 wurde in Großbritannien die Wärmebehandlung nur noch mit 80° C statt mit 130° C durchgeführt. Dadurch könnte der besonders hitzebeständige Erreger von an der Traberkrankheit (Scrapie) infizierten Schafen auf Rinder übertragen worden sein.
In Deutschland wurde Tiermehl wie folgt behandelt: 133°C mit einem Druck von 3 bar, 20 Minuten. Der EU Lenkungsausschuss hält diese Behandlung nicht mehr für ausreichend sicher und empfiehlt stattdessen die folgende Behandlung: 140°C, 3,6 bar, 30 Minuten.
Inzwischen wurde nachgewiesen, dass auch andere Tierarten, wie Mäuse, Affen und Katzen, infiziert werden können.
Bei aller Vorsicht sollte man bedenken, dass die Wahrscheinlichkeit, sich jetzt noch mit BSE zu infizieren außerordentlich gering ist. Dennoch sollte man beim Kauf von Rindfleisch und Rinderprodukten sehr genau auf die Herkunft des Tieres (Züchter, Schlachthof) achten. Eine Berliner Firma namens Biopsytec arbeitet an einem hervorragendem Ohrmarkierungssystem, das mit Hilfe eines genetischen Fingerabdrucks die Herkunft eines Stücks Fleisch im Supermarkt eindeutig zu einer Herde zurückführen lässt.
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