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Die Verbreitung dieser Viren bewirkt - wenige Monate oder viele Jahre nach der Infektion - unter anderem die bereits erwähnten Schädigungen der Nerven sowie schwere Immunschwäche und damit den Ausbruch von AIDS. Das Immunsystem der Patienten ist dann selbst harmlosen Infektionen nicht mehr gewachsen. Eine Ansteckung mit Pneumocystis carinii (eine sonst relativ harmlose Krankheit) z.B. kann bei AIDS - Patienten zum Tode führen. Auch eine Infektion mit Cytomegalie (im Normalfall ebenfalls keine schlimme Krankheit)- Viren oder Reaktivierung von latenten Viren aus früheren Infektionen, die bei gesunden Menschen nur kurzzeitig Krankheitsymptome hervorruft, führt bei AIDS - Patienten zu schweren Lungenentzündungen. Man spricht hier auch von \"opportunistischen Infektionen\". Die Hauptursache für die Schwächung des Immunssystems bei AIDS ist die starke Abnahme der Anzahl von T-Helferzellen durch die Vermehrung der Viren.
Im gesunden Menschen finden sich neben den T-Helferzellen auch T-Suppressorzellen, die eine Immunantwort beenden, und zwar in einem Verhältnis von 2 : 1 .Dieses Verhältnis ist bei einem AIDS-Patienten genau umgekehrt. Kurz vor dem Tode hat die Anzahl der T-Helferzellen oft auf nahe Null abgenommen.
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