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Nach 1998 im Wissenschaftsmagazin Nature veröffentlichten Angaben eines Wissenschaftlers der New Yorker Rockefeller University betrifft der erste bekannte AIDS-Fall einen Bantu aus Léopoldville (heute Kinshasa, Demokratische Republik Kongo). In der aus dem Jahr 1959 stammenden Blutprobe dieses Afrikaners wurden HI-Viren nachgewiesen. Die an der University of Alabama tätige deutsche Virologin Beatrice Hahn und ihre Kollegen gehen nach einem 2000 in der Zeitschrift Science erschienenen Artikel davon aus, dass die erste Übertragung von HIV-1-Viren bereits im frühen 20. Jahrhundert, und zwar in Kamerun, von Schimpansen der Unterart Pan troglodytes troglodytes auf den Menschen erfolgte. Der seltenere HIV-2-Stamm wurde vermutlich von Meerkatzen auf den Menschen übertragen. Im selben Jahr berichteten US-amerikanische Forscher ebenfalls in Science, umfangreiche Analysen der genetischen Veränderungen von HI-Viren ließen den Schluss zu, das Virus sei vor 1931 auf den Menschen übergesprungen.
Dem AIDS-Virus nahe verwandte Affenviren (SI-Virus: Simian Immunodeficiency Virus: Simianes Immunschwächevirus) wurden mittlerweile in 26 Primatenarten nachgewiesen. Wie Beatrice Hahn und ihre Kollegen 2000 in Science berichteten, muss es in der Vergangenheit sieben Übertragungen von SIV auf den Menschen gegeben haben - nur eine davon, die von einem als SIVcpz bezeichneten Erreger ausging, löste die weltweite HIV-Epidemie mit Millionen von Toten aus. Hahn und ihre Kollegen vermuten, dass die Übertragung beim Zerschneiden des Fleisches getöteter Schimpansen oder bei dessen Verzehr geschehen ist. Ein internationales Wissenschaftlerteam teilte 2002 in der Zeitschrift Emerging Infectious Diseases mit, etwa jeder sechste Affe, der auf afrikanischen Märkten zum Verzehr angeboten werde, sei mit SI-Viren infiziert. Als widerlegt gilt eine andere Hypothese (die zudem mit den obigen Zeitangaben nicht im Einklang steht), wonach die Viren bei einer in Belgisch-Kongo (heute Demokratische Republik Kongo) gegen Ende der fünfziger Jahre durchgeführten Poliomyelitis-Impfaktion übertragen worden sein könnten; damals war aus Affennierenzellen gewonnenes Serum eingesetzt worden. Drei Forschergruppen, zwei britische und eine französische, berichteten 2001 unabhängig voneinander in Nature, sie hätten in dem damals verwendeten Serum weder HIV-1-ähnliche Gensequenzen noch DNA von Schimpansen nachweisen können.
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