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Der Name Galapagos stammt aus dem spanischen Namen der Insel ,,Insulae de los Galopegos\", die Insel der Schildkröten.
Diese Inseln wurden erstmals 1570 in Karten verzeichnet. Sie entstanden etwa vor 5 Mill. Jahren im Känozoikum aus vielen kleinen, aus dem Meer emporsteigenden Tiefseevulkanen. Noch heute sind einige Vulkane tätig. Das Archipel Galapagos besteht aus vielen kleinen Inseln mit über 2.000 Kraterbergen.
Die Galapagos-Inseln gehören zu den jüngsten Hervorbringungen der Erdkruste in der Erdgeschichte. Die heutige geographische Lage der Galapagos-Inseln ist etwa 1.000 km vor der Westküste Ecuadors am Äquator und am 90. westlichen Längengrad. Das Archipel entfernt sich jedes Jahr um etwa 7 cm von seinem Entstehungsort.
Da die Inseln durch einen Hot Spot (Ort an der Erdoberfläche, der der Durchstoßpunkt eines Wärmekanals aus dem Erdmantel ist und über dem sich meist ein Vulkan bildet) auf der Nazca-Platte entstanden sind und die Erdkrustenplatte darüber (Cocos-Platte) sich nach Südosten bewegt, kommt es zu dieser Verschiebung.
Nach der Abkühlung der entstandenen Inseln fanden sich erste Pioniere ein, um das wüste und leere Lava-Gestein zu besiedeln. Es waren Sporen von Flechten, Moosen und Farnen, auch flugfähige Samen, die durch Windtransport von der Küste Südamerikas (der Kontinent war schon lange vor den Inseln belebt) herüberkamen. Nach einiger Zeit, als die Pflanzen die Inseln schon bedeckt hatten, kamen auf dahergeschwommenem Treibholz Insekten, Schnecken und anderes Kleingetier über den Pazifik zum Archipel. Durch den an der Westküste Südamerikas entstandenen Humboldt-Strom kamen Seetiere wie Muscheln, Krebse, aber auch Pelzrobben und Pinguine auf Galapagos an. Wahrscheinlich kamen die Vorfahren der Meeresechsen ,,und die Landschildkröten auf Treibholz, also einem natürlichen\" Floß, auf das Archipel. Viele Pflanzenarten kamen auf dem Luftweg, wie z. B. in den Gefiedern der Vögel, als Samen auf die Inseln.
Doch die angekommenen Vögel und Tiere waren den südamerikanischen Kontinent mit seinen Lebensbedingungen gewohnt und nicht die noch etwas rauhe Landschaft der Inseln. Daher mußten sie sich in ihren Lebens-, vor allem Freßgewohnheiten und der Nahrung ändern.
Diese Überlegung erfaßte auch Darwin, und er erkannte, als er auf Galapagos forschte, sehr schnell, wie die Tiere sich wandelten und die einzelnen Nischen in der Natur besetzten.
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