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Die Immunreaktion läuft in drei Phasen ab. Die erste wird Erkennungsphase genannt. Das Antigen muss in dieser Phase gebunden werden und einigen T- Lymphozyten präsentiert werden. Es entstehen vermehrt T- Helferzellen. Diese lösen bei denjenigen B- Lymphozyten Teilungen aus, die Antikörper gegen das gleiche Antigen bilden können.
Die zweite Phase ist die sogenannte Differenzierungsphase. Die B- Lymphozyten vermehren sich stark und differenzieren sich hauptsächlich zu Plasmazellen. Einige werden zu Gadächtniszellen. Man kann die Vermehrung der Lymphozyten als Schwellung der Lymphknoten fühlen.
In der dritten Phase, der Wirkungsphase, erfolgt die Antigen- Antikörper Reaktion und es entsteht der Immunkomplex. Immunkomplexe können das Komplementsystem (im Serum vorkommende Proteine, die in den Organismus eingedrungen Fremdstoffe inaktivieren können) aktivieren. Dessen Proteine können dann viele Reaktionen auslösen. Dazu gehört zum Beispiel der Abbau von Fremdstoffen. Immunglobuline können sich an die Oberfläche eines aus der Zelle ragenden Antigens anheften und die Zellen, die viele Antigene besitzen, verkleben = Agglutination. Weiters erhöht sich die Durchlässigkeit der Kapillarwände für Proteine, sodass vermehrt Antikörper aus dem Blut ins Gewebe gelangen. Folgend tritt mehr Flüssigkeit aus den Kapillaren aus und die Infektionsstelle schwillt an.
In der vierten Phase, der Abschaltphase, hört die Immunreaktion allmählich auf. Dies geschieht durch Supressor= Unterdrückerzellen, welche den Stand der befallenen Zellen überprüfen und die Antikörperproduktion bei wenig befallenen Zellen stoppen.
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