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Das in ihrer Benennung ausgedrückte Kennzeichen der Mikroorganismen ist die geringe Größe des Individuums. Diese geringe Abmessungen haben wesentliche Konsequenzen hinsichtlich der Morphologie, der Aktivität und Flexibilität des Stoffwechsel und der ökologischen Verbreitung. So haben Mikroorganismen zum Beispiel ein extrem hohes Oberflächen/Volumen-Verhältnis. Die Oberflächenregel Rubens besagt, daß der Energieumsatz der Tiere in der Ruhe nicht der Masse, sondern ihrer Oberfläche proportional ist. Daher haben Bakterien viel höhere Stoffwechselaktivitäten als Gewebe (gemessen in Sauerstoffverbrauch bei gleicher Trockenmasse und Zeit).
Mikroorganismen müssen auch eine viel größere stoffwechselphysiologische Flexibilität besitzen. Für Bakterien ist ein hohes Adaptionsvermögen (Anpassungsfähigkeit) eine Notwendigkeit, die sich auf die geringe Abmessungen zurückführen läßt. Eine Mikrokokkenzelle zum Beispiel bietet nur für einige 100000 Proteinmoleküle Raum. Nicht benötigte Enzyme können daher nicht vorrätig gehalten werden. Gewisse der Nährstoffverwertung dienende Enzyme werden nur produziert, wenn der betreffende Nährstoff in der Umgebung der Zelle auftritt. Zelluläre Regulationsmechanismen spielen also bei Mikroorganismen eine erheblich größere Rolle als bei anderen Lebewesen.
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