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Die ursprüngliche Pflanzen- und Tierwelt Kolumbiens ist so vielfältig wie die Topographie des Landes. Die riesigen Regenwälder erstrecken sich über 51 Prozent der gesamten Landesfläche Kolumbiens und zählen weltweit zu den artenreichsten. In den Waldgebieten, die sich auf mittlerer Höhe über mehr als 51 Millionen Hektar ausdehnen, finden sich auch forstwirtschaftlich nutzbare Bäume wie Mahagonibäume, Guajakbäume, Eichen, Walnussbäume, Zedern, Kiefern und Balsabäume. Aus tropischen Pflanzen werden Kautschuk, Chiclegummi, Chinarinde, Vanille, Sarsaparilleextrakt, Ingwer, Kopalharz, Brechwurzelextrakt, Tonkabohnen und Rizinusöl gewonnen. An der karibischen Küste wachsen Mangroven und Palmen. Allein zwischen 1990 und 1995 fielen etwa 1,3 Millionen Hektar der Entwaldung zum Opfer. In den wirtschaftlich genutzten Waldgebieten wird nur selten eine Wiederaufforstung durchgeführt.
Obwohl Kolumbien nur etwa ein Zehntel so groß ist wie sein Nachbarland Brasilien, beheimatet es fast ebenso viele bekannte Tierarten und zählt zu den zehn Ländern der Welt mit der größten Artenvielfalt. In der Tierwelt Kolumbiens finden sich größere südamerikanische Säugetiere wie Jaguare, Pumas, Tapire, Pekaris, Ameisenbären, Faultiere, Gürteltiere sowie verschiedene Affenarten und Hirsche. Kaimane, die früher in großer Zahl die Flüsse bewohnten, sind durch intensive Bejagung selten geworden. In den tropischen Gebieten leben viele Schlangenarten, u. a. Korallenschlangen und Anakondas. Kolumbien hat mit 1 700 Vogelarten die artenreichste Avifauna. Zu den heimischen Vögeln zählen Kondore und andere Neuweltgeier, Tukane, Kakadus und andere Papageien, Kraniche, Störche und Kolibris. In Kolumbien sind 8,2 Prozent (2000) der gesamten Landesfläche als Nationalparks oder Naturschutzgebiete ausgewiesen. Die Durchführung von Kontrollen in einigen dieser Gegenden ist jedoch infolge des illegalen Drogenschmuggels schwierig.
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