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Charles Darwin, der berühmte Naturforscher, war es, der den Begriff "lebendes Fossil" (engl. "living fossil") schuf.
In seinem 1859 erschienenen weltbekannten Werk "On the Origin of Species" erwähnte er Lebewesen, die ein paradoxes biologisches Phänomen zeigen: Tier- und Pflanzenarten, die als einzige Überlebende weit zurückliegender Zeiten der Erdgeschichte heute noch existieren. Sie weisen eine erstaunliche Konservierung altertümlicher Merkmale auf, denn sie sind mit ihren Verwandten, die vor zig bis Hunderten von Millionen Jahren lebten, fast völlig identisch.
DARWIN verstand unter dem Begriff "lebendes Fossil" Organismen, die als Bindeglieder zwischen heute völlig getrennten systematischen Gruppen vermitteln. Als Beispiele nannte er das neuseeländische Schnabeltier Ornithorhynchus, das einer sehr ursprünglichen, behaarten, eierlegenden Säugetiergruppe angehört, als "Bindeglied" zwischen Reptilien und Säugetieren, oder den südamerikanischen Lungenfisch Lepidosiren als "Bindeglied" zwischen Fischen und Lurchen.
".and in fresh water we find some of the most anomalous forms now known in the world, as the Ornithorhynchus and Lepidosiren, which, like fossils, connect to a certain extent orders now widely separated in the natural scale. These anomalous forms may almost be called living fossils." (DARWIN 1859: 10).
Auch aus der Pflanzenwelt kannte DARWIN ein markantes Beispiel für ein "lebendes Fossil", nämlich den ostasiatischen Ginkgobaum. Der in China heimische Ginkgo biloba ist heute der einzige übergebliebene Vertreter einer im Mesozoikum weit verbreiteten urtümlichen Gymnospermengruppe.
Es gehört zu den heute anerkannten biologischen Grunderkenntnissen, dass sich die Lebewesen im Laufe der erdgeschichtlichen Zeiträume ständig verändert haben. Die von DARWIN aufgestellte Evolutionstheorie war für die Wissenschaft bahnbrechend, denn die große Mehrzahl der Naturforscher vor seiner Zeit war fest davon überzeugt, dass die Arten unveränderlich seien und dass jede einzelne für sich erschaffen worden sei. Damals stießen DARWINS revolutionäre Ideen auf heftige Kritik. Kritiker wiesen unter anderem darauf hin, dass bei einer Evolution, wie sie DARWIN forderte, überhaupt keine "primitiven" Lebensformen vorkommen dürften, weil im Laufe der langen Evolutionsgeschichte alle Formen bestimmte Entwicklungsschritte hätten durchlaufen müssen. Die Frage war, warum die höher entwickelten Formen nicht schon überall die minder vollkommenen ersetzt und vertilgt hätten.
DARWIN entgegnete, dass nach seiner Theorie die natürliche Zuchtwahl keine notwendige fortschreitende Entwicklung einschließt; sie benützt nur solche Abänderungen, die für einen Organismus in seinen verwickelten Lebensbeziehungen vorteilhaft sind. Ist es für ein Lebewesen nicht von Vorteil höher organisiert zu sein, wird es auch durch die natürliche Zuchtwahl wenig oder gar nicht vervollkommnet werden und bleibt daher auf seiner tiefen Organisationsstufe stehen.
Andererseits fordert der zentrale Lehrsatz seiner Evolutionstheorie die ständige Veränderung der Organismen im Laufe der Zeit. Aber schon Darwin erkannte, dass die Rate der Veränderung variiert und in manchen Fällen sehr niedrig ist. Er macht seine Leser wiederholt aufmerksam auf Beispiele für rezente Tier- und Pflanzenarten, die bekannten Fossilien aus sehr alten Schichten gleichen. In seinem Werk "On the Origin of Species" gibt er für die Existenz der lebenden Fossilien folgende Erklärung:
".; they have endured to the present day, from having inhabited a confined area, and from having thus been exposed to less varied, and therefore severe, competition." (DARWIN 1859: 107).
Dennoch bereiteten ihm die "lebenden Fossilien", ein von ihm selbst geprägter Begriff, unablässiges Kopfzerbrechen. Diese Tatsache bot seinen zahlreichen Zweiflern Angriffsfläche für Kritik.
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